Gelderse stad (1200-1300)
Vanaf 1200 ontstonden langs de grote rivieren welvarende handelssteden. Ook Nijmegen ontwikkelde zich van een kleine handelsnederzetting aan de Waaloever tot een bloeiende stad.
Dat de nederzetting kon uitgroeien tot zo’n belangrijk economisch en cultureel centrum, dankte zij vooral aan haar gunstige hoge ligging bij een kruising van land- en waterwegen. Bovendien werd zij omringd door vruchtbare rivierklei. Hierdoor kon de plaatselijke landbouw genoeg voedsel leveren om de groeiende bevolking te voeden.
Rijksstad
Het middeleeuwse Nijmegen maakte deel uit van het Heilige Roomse Rijk, dat zich zag als de voortzetting van het Romeinse Rijk in West- en Midden-Europa. In de dertiende eeuw begon het Heilige Roomse Rijk steeds meer uiteen te vallen in hertogdommen en graafschappen. De invloed van de keizer nam daardoor af. Nijmegen, intussen uitgegroeid tot een belangrijk handelscentrum en keizerlijke verblijfplaats, kreeg in 1230 van Rooms-Koning Hendrik VII (de beoogde keizer) dezelfde stadsrechten als Aken. De Waalstad werd een vrije rijksstad met een eigen bestuur en eigen rechtspraak, rechtstreeks vallend onder het gezag van de keizer.
Kort daarna, in 1247, kwam de stad echter in Gelderse handen. Graaf Otto II
van Gelre en Zutphen kreeg haar als onderpand van de armlastige Rooms-koning Willem II. Aangezien de lening van zestienduizend marken nooit werd afbetaald, bleef Nijmegen Gelders. De geschiedenis van Gelre was in 878 begonnen met de nederzetting Gelre, het huidige Geldern in Duitsland, ongeveer tachtig kilometer van Nijmegen. In de elfde eeuw ontstond rond deze plaats het graafschap Gelre. Dit bestond sinds 1247 uit vier delen, te weten de vier kwartieren Nijmegen, Roermond, Zutphen en Arnhem. Het oude Gelre was dan ook aanzienlijk groter dan de huidige provincie Gelderland.
Eerste stad in Gelre
Graaf Otto II wist Nijmegen verder tot ontwikkeling te brengen. Tijdens zijn bewind vond de eerste omwalling van de stad plaats en werd de burcht op het Valkhof versterkt. Omdat de oude parochiekerk de uitbreiding van de burcht in de weg stond, werd zij afgebroken. Op de toen nog vrijwel onbebouwde Hundisberg verrees er een nieuwe kerk. Hier staat de Sint Stevenskerk nog steeds. De inwijding van de kerk in 1273, door de Duitse filosoof en theoloog Albertus de Grote, was een mijlpaal in de geschiedenis van de stad.
Eind dertiende eeuw had Nijmegen een sterke burcht, stadswallen, een grote parochiekerk, verschillende kloosters, een haven met pakhuizen en een aantal zogenaamde stadskastelen, bewoond door rijke handelaren en andere notabelen. Nijmeegse kooplieden onderhielden nauwe contacten met Parijs en de Vlaamse steden, destijds de economische centra van de wereld.
